Выношу из комментариев

Здесь фактически две статьи и два текста. Я автор "Предисловие от переводчика, история вопроса". Перевод статьи от Emily Kopp и заголовок её статьи US scientists proposed to make viruses with unique features of SARS-CoV-2 in Wuhan "Американские ученые планировали создать вирусы с уникальными свойствами SARS-CoV-2 в Ухане за год до утечки" начинается после моего предисловия переводчика (что явно указано). Возможно мне не следовало обозначать всю публикацию как перевод.

Предполагается, что вирус сделал Барик, на деньги NIH Фаучи, через прокладку Дашака, но работы осуществлялись в Ухане. Финансирование "усиления" вирусов Фаучи было незаконным.

Основной источник для статьи Emily Kopp этот файл из U.S. GEOLOGICAL SURVEY (они хранят тексты заявок на гранты) и Национальных архивов США с перепиской и заявками на грант Барика, Дашака и других https://usrtk.org/wp-cont....ted.pdf "Желтая пресса" в первой ссылке цитирует этот документ и разбирает его содержание. Советую самим его почитать прежде чем писать про желтую прессу.

Предисловие от переводчика, история вопроса
С самого начала пандемии ковида-19 существовали подозрения, что вирус SARS-CoV-2 был создан искусственно, что было разобрано в замечательной статье Юрия Дейгина опубликованной на Хабре 19 апреля 2020 года и до сих пор не утратившей актуальности. В статье назывались имена двух основных подозреваемых: Ральфа Барика из университета Северной Каролины и Ши Чжэнли из Уханьского института вирусологии. К двоим подозреваемым можно было бы добавить других известных специалистов по коронавирусам и нидовирусам, но Барика сразу считали злодеем.

Работы по усилению функций вирусов (gain-of-function research, GoFR, «гофра») ведутся с начала века. Целью работ является лучшее понимание текущих и будущих эпидемий, а также создание вакцин от вирусов до того, как эпидемия начнётся. Одна из популярных тем – усиление SARS-CoV. В 2014 году был введён мораторий на государственное финансирование «усиленных» вирусов в США, однако, как выяснилось в марте 2022 года Энтони Фаучи нарушал мораторий и финансировал создание «усиленных» вирусов Бариком в Ухане через прокладку Eco Health Alliance Питера Дашака. Полученные в январе этого года в соответствии с Законом о свободе информации документы из национального архива США раскрыли заявки Дашака и Барика на гранты предлагающие создание коронавирусов со свойствами, имеющимися только у SARS-CoV-2, поданные за более чем за год до начала эпидемии ковида-19. Эти документы не содержат прямой информации о финансировании грантов, но согласно законам США и ответу представителя национального архива США раскрытию подлежат только профинансированные проекты, а заявки, которые не были профинансированы не раскрываются, что указывает, что для опубликованных заявок финансирование было получено. Заявки также содержат сведения о неопубликованных предварительных работах по «улучшению» спайка.

Когда Уханьский институт вирусологии опубликовал первую статью о вирусе, они не упомянули об уникальном участке расщепления спайка фурином, что означает что авторы статьи возможно не были осведомлены о работах Барика по созданию вирусов. План добавить в спайк сайт расщепления фурином для улучшению связывания c человеческим рецептором ACE2, был в заявках Барика на грант.

Расследование искусственного происхождения ковида-19 на основе заявок на гранты было чрезвычайно простым, так как все основные подозреваемые были изначально известны. При наличии политической воли у правоохранительных служб США результаты расследования могли бы быть опубликованы официально в марте 2020 года. Фаучи нанёс вред США как тысяча Осам бин Ладенов, но вместо ареста 20 января 2021 года Фаучи был назначен главным советником президента Байдена по медицине и в качестве советника полностью определял политику США в отношении ковида-19 до своего выхода на пенсию в конце 2022 года. К аресту Фаучи сейчас призывает только сенатор Рэнд Пол.

Фаучи был давно известен не только как учёный, но и как конспиролог, который на основе одного впоследствии опровергнутого случая, в конце 80-х начал панику по поводу бытового заражения СПИДом через сидения туалетов. Фаучи тогда же обещал создать вакцину от ВИЧ за два года. Если бы Фаучи позволили, он бы смог при помощи вакцин защитить человечество от заражения ВИЧ бытовым путём. Согласно раскрытым Илоном Маском документам Твиттера, ФБР обращалось к интернет компаниям с целью установить ковидную цензуру, что было прямым нарушением Первой поправки к Конституции США запрещающей федеральному правительству как-либо ограничивать свободу слова. Википедия в декабре 2020 года удалила большую часть статьи об антителозависимом усилении на английском, сейчас статья на английском намного меньше статьи на русском. Поиск в Гугле на тему ковида до сих пор сильно цензурирован, в отличие от других поисковиков. Во Франции под предлогом защиты науки от критики в социальных сетях и борьбы с «уринотерапией» в феврале этого года были приняты законы вводящие уголовную ответственность за критику решений государства в области здравоохранения (статья удалена, ссылка на Веб-архив). Реакция СССР на чернобыльскую аварию 1986 года может служить образцом свободы слова и ответственности по сравнению с реакцией США на ковид-19.

Недавняя публикация на Хабре обсуждают «огромную общественную опасность» Flipper Zero, который может открывать некоторые замки, приведшую к запрету продажи устройства в Канаде. Как мы убедились за последние годы, работы по «усилению» вирусов существенно опаснее не только Flipper Zero, но и ядерного оружия, при этом геномы вирусов опубликованы. По всей видимости работы Барика по «улучшению» коронавирусов в Ухане велись в лаборатории c уровнем биобезопасности BSL (BioSafety Level) 2, который не сильно превосходит уровень зубного кабинета, а не с BSL 4, как на известных фотографиях Ши Чжэнли. BSL 4 применяется для «опасных» вирусов, например эболы или вирусов летучих мышей исследуемых Чженли. Эти «опасные» вирусы могут убить исследователя, но риск распространения этих вирусов в широкой среде крайне низкий. Они присутствуют в природе, но мало заразны для человека, и поэтому редко встречаются среди людей. С SARS-CoV-2, согласно инструкциям 2021 года, положено работать в BSL 3, иногда работали в BSL 2, так как ковид в 2021 году был везде и исследователь мог легко заразиться им в магазине или метро. До утечки вируса Барик каждый год разрабатывал по два-три десятка вариантов спайка и собирал несколько вариантов новых полностью собранных вирусов. Отбор вариантов спайка осуществлялся в том числе и по улучшению связывания с человеческими ACE2 рецепторами (human ACE2 = hACE2). Оценку патогенности Барик осуществлял стандартным способом для SARS-подобных вирусов, заражая этими вирусами гуманизированных мышей с hACE2 рецепторами, но данная оценка не может прямо отражать эпидемический потенциал вируса в человеческой среде. Любой студент мог сам вставить сайт расщепления фурина в геном созданных Бариком вирусов и тем самым существенно «улучшить» вирус, а затем случайно выпустить вирус гулять по всему остальному миру.

Мы не можем до сих пор оценить потенциал SARS-CoV-2, так как этот вирус новый для человека, и мы всё ещё находимся в начале эволюции этого вируса. Можно сравнивать SARS-CoV-2 с другими, более древними, коронавирусами и нидовирусами животных в целом. Эволюция коронавирусов направлена на приспособление иммунной системе и использование иммунного ответа в своих целях в форме антитело-зависимого усиления (АЗУ). АЗУ, вызываемое антителами к спайку SARS-CoV, было описано ещё в 2014 году. Относительно новым, но более древним, чем SARS-CoV-2, является кошачий коронавирус FCoV, пример которого указывает возможное направление эволюции SARS-CoV-2. Давно известно, что кошки с высоким уровнем антител гарантированно погибают от FCoV (около 10% зараженных кошек) если их не лечить ремдесивиром (ремдесивир работает только для кошек, люди не кошки), а с низким уровнем гарантированно выживают. Смертельная форма перитонита развивается из-за неспособности осуществить Т-клеточный ответ (в форме врождённого иммунитета) при мощной В-клеточной реакции (избыток антител). В противном случае кошка может выработать сильный Т-клеточный ответ, который способен перекрыть все негативные эффекты антител. Вакцинация с помощью высоко патогенного спайка с целью выработки антител увеличивает вероятность поражения иммунной системы через АЗУ, а значит массовая вакцинация может привести к эволюции SARS-CoV-2 в направлении кошачьего FCoV.

Самыми древними являются коронавирусы летучих мышей: летучие мыши свыше 50 миллионов лет обитают во многомиллионных колониях, а человеческие города с миллионным населением появились совсем недавно. Летучих мышей пытались заражать различными смертельными для человека вирусами, но без видимого результата. Механизмы реакции иммунной системы летучих мышей на вирусы неизвестны, но не базируются на антителах. Коронавирусы присутствуют в среде летучих мышей, но поддерживаются неизвестными механизмами на неопасном для летучих мышей уровне предположительно врождённым иммунитетом. С 2020 года известно, что многие врачи, работавшие в горячей зоне не заражались ковидом, при этом у них не было антител от ковида.

В настоящее время активно создаются новые «усиленные» вирусы. В январском китайском (не из Ухани) препринте описан мутанта коронавируса панголина сходного с SARS-CoV-2 с улучшенной связываемостью человеческими hACE2 рецепторами. Вирус за неделю убил всех заражённых гуманизированных мышей с hACE2. В комментариях к препринту проф. Ричард Эбрайт учит авторов любить человечество, и не делать «усиленные» вирусы, а один из авторов, Лихуа Сонг учит профессора любить строгость в науке и не пугать народ. На публике Сонг вполне может навешать лапши обывателю что его исследования не опасны, поскольку мыши у них уникальные, с hACE2. Эбрайт пишет, что гуманизированные мыши используются для оценки патогенности вирусов подобных SARS для человека, и прямо цитирует препринт, который подчеркивает риск распространения исследуемого вируса на людей.

Видео 2009 года, на котором Фаучи, Дашак и Барик учат студента создавать «гофры»:

Ниже перевод статьи

Американские ученые планировали создать вирусы с уникальными свойствами SARS-CoV-2 в Ухане за год до утечки
Опубликовано: 18 января 2024 г. Эмили Копп

Согласно документам, полученным U.S. Right to Know из национального архива США, американские ученые планировали сотрудничать с Уханьским институтом вирусологии для создания новых коронавирусов с признаками SARS-CoV-2 за год до появления вируса в этом городе.

Ученые, разделенные по поводу так называемой «лабораторной утечки» и гипотез естественного происхождения, в течение нескольких лет размышляли над загадочным языком американо-китайского исследовательского проекта “DEFUSE”, описывающего эксперименты по усилению функций (Gain of Fuctuion Research) коронавирусов. Заявка на грант DEFUSE была подана президентом Eco Health Alliance Питером Дашаком. Черновики и заметки, полученные по запросу согласно Закону о свободе информации США, раскрывают новые подробности о предполагаемом исследовании. В частности, ученые стремились внедрить сайты расщепления фурина на стыке S1 / S2 белка-шипа; собрать синтетические вирусы из шести сегментов; идентифицировать коронавирусы, на 25% отличающиеся от SARS; и выбрать для связывания с рецепторами домены, способные поражать рецепторы человека. Геном SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, соответствует вирусам, описанным в предложении по исследованию:

SARS-CoV-2 имеет сайт расщепления фурина, расположенный в белке-шипе на стыке S1 / S2. Место расщепления фурина превратило вирус в наихудший пандемический патоген за столетие. Вирусологам еще предстоит идентифицировать его в любом другом родственном коронавирусе.

Геном SARS-CoV-2 можно разделить на шесть смежных фрагментов с помощью ферментов рестрикции Bsal и BsmBI. Эти ферменты рестрикции встречаются в природе, но также могут быть использованы в лаборатории для сращивания вирусов. Трио ученых в анализе 2022 года подсчитали, что вероятность увидеть образец, обнаруженный при SARS-CoV-2, в природе будет незначительной. Заказы покупку одного из этих ферментов, BsmBI, можно найти в документах.

SARS-CoV-2 сразу оказался высокоинфекционным и не сильно эволюционировав у людей. Вирус «вышел из коробки, готовый к заражению». Домен, связывающий рецептор ACE2, оказался «точно настроенным» на человеческий рецептор ACE2, но при первом распространении на людей имел небольшие генетические вариации, представляя сложный «парадокс» для вирусологов, которые пытались доказать, что он возник естественным путем. Документы подтверждают, что ученые, работающие с уханьской лабораторией, стремились в своих исследованиях отобрать домены, связывающие рецепторы, которые хорошо связываются с человеческим ACE2.

Геном SARS-CoV-2 находится в пределах 25-процентного генетического отличия от SARS.

Документы впервые раскрывают, что вирусолог, работающий с уханьской лабораторией, планировал разработать новые спайковые белки – в отличие от опубликованных работ коллаборации по внедрению существующих природных спайковых белков в вирусные остовы. Язык предложения указывает на то, что в этой работе могли быть задействованы неопубликованные вирусы, генерирующие неопубликованные искусственно созданные спайковые белки.

Американский вирусолог, профессор Университета Северной Каролины Ральф Барик, планировал создавать двадцать или более «химерических» белковых шипов, связанных с SARS, ежегодно в рамках предложения, а также два или пять полных инженерных вирусов, связанных с SARS. Документы, ранее опубликованные организацией Right to Know, показывают, что некоторые эксперименты могли проводиться тайно в Ухане на более низком уровне биобезопасности, чем указано в гранте, видимо, для экономии средств.

Документы оспаривают аргумент, выдвинутый Национальными институтами здоровья и некоторыми вирусологами, против связи грантов Eco Health Alliance с происхождением пандемии: они утверждали, что эта научная коллаборация между США и Китаем планировала работать с вирусами, начиная с вирусных основ, уже опубликованных в открытой литературе, и что эти вирусные основы слишком отличаются, чтобы сыграть роль в пандемии. Однако новые документы раскрывают, что ученые планировали создавать и тестировать in vivo новые живые вирусы с новыми основами. В документах описываются связанные с SARS вирусы, которые должны были изучаться в рамках гранта, как представляющие «явную и непосредственную угрозу новой пандемии, подобной SARS». Документы не подтверждают точное пошаговое руководство по созданию SARS-CoV-2 в лаборатории. Геномы некоторых вирусов, связанных с SARS, с которыми ученые планировали работать, остаются неизвестными, но документы описывают эксперименты, которые могли привести к появлению вируса с редкими и уникальными свойствами SARS-CoV-2.

Предложение о гранте было подано в агентство перспективных исследовательских проектов Министерства обороны США (DARPA), которое отклонило проект. Финансировалось ли исследование другими средствами, остается неизвестным. К моменту подачи предложения Барик разработал неизвестные спайковые белки.

Документы свидетельствуют о том, что некоторые данные, имеющие ключевое значение для самой страшной пандемии за столетие, могут быть найдены не только в Китае, но и в США: «Когда Уханьский институт вирусологии опубликовал свою первую статью о пандемическом вирусе, они не упомянули об уникальном участке расщепления фурина, несмотря на то, что недавно стали (со)авторами проекта DEFUSE, заявив, что они искали эти тревожные признаки в новых SARS-подобных вирусах», - сказала молекулярный биолог из Института Броуда Алина Чан. (от переводчика: Я полагаю, что авторы первой статьи, описывающей SARS-CoV-2 не участвовали в его создании, а переоткрывали его свойства).

Сайт расщепления фурином на границе S1 / S2 спайка
Окончательная формулировка заявки на грант предусматривала включение «специфичных для человека сайтов протеолитического расщепления» в часть белка-шипа, называемую S2’, но более ранние заявки проекта DEFUSE были более определёнными. Сайты протеолитического расщепления - более общий термин, чем сайты расщепления фурином.

Сайты протеолитического расщепления являются комбинациями аминокислот, которые позволяют ферментам расщеплять спайковый белок, который помогает вирусам, подобным SARS-CoV-2, проникать в клетки человека. Сайты протеолитического расщепления могут быть активированы различными ферментами, а не только фурином. Общая формулировка в окончательной заявке стала камнем преткновения в дебатах по поводу документов проекта DEFUSE. Вирусолог Института Скриппса Кристиан Андерсен — сторонник теории естественного происхождения — утверждает, что DEFUSE не имеет большого отношения к происхождению COVID, поскольку грант предусматривает введение сайтов протеолитического расщепления в положении S2' белка-шипа. Однако более ранние проекты показывают особый интерес ученых к участкам расщепления фурина. Документы предполагают, что ученые еще не были уверены в относительной важности других участков расщепления.

В более ранних проектах также точно указаны положения предполагаемых вставок, в том числе те, которые соответствуют соединению S1 / S2, а не только в точке S2'. «Адаптация к культуре тканей иногда приводит к появлению сайта расщепления фурина, который может направлять процессы проникновения, обычно путем расщепления S в положениях 757 и 900 в S2' другого CoV, но не SARS», - говорится в гранте. Позиция 900 – это сайт S2', а позиция 757 - сайт S1 / S2. В комментарии к предложению уточняется, что в этом тексте цитируется «рисунок С» Барика приведённый ниже.



На рисунке С показан участок расщепления фурина на границе S1/ S2, именно там, где находится участок расщепления фурина в SARS-CoV-2.

Документы предполагают, что исследовательская группа определила способ изолировать коронавирусы, связанные с SARS, с помощью сайтов расщепления или внедрять их, говорят некоторые ученые.

Сайты рестриктивных ферментов
Некоторые ученые, выступающие за теорию естественного происхождения, утверждали, что уханьская лаборатория использовала бы только знакомые основные компоненты из опубликованной литературы и заменила спайковые белки. Поскольку эти основные группы, описанные в опубликованной литературе, слишком генетически непохожи, чтобы породить SARS -CoV-2, они утверждают, что проект DEFUSE не имеет отношения к пандемии.

Недавно раскрытые более детальные ранние заявки на грант показывают, что исследователи планировали протестировать сконструированные спайковые белки в опубликованных вирусах в качестве начального теста, который помог бы им расставить приоритеты в геномах для следующего шага: сшивания вирусных геномов, связанных с SARS, вместе, используя шесть частей для создания новых синтетических вирусов. Белки-спайки, идентифицированные как обладающие «предэпидемическим потенциалом», будут использованы на следующем этапе - генерации синтетических «жизнеспособных вирусов с полным геномом». Эти вирусы должны были быть собраны из консенсусных последовательностей — последовательностей, которые суммируют наиболее распространенные пары оснований среди группы близкородственных вирусов. Эти вирусы могут отличаться друг от друга по нуклеотидам на 5 процентов. RaTG13, один из ближайших родственников вирусов SARS-CoV-2, который был секвенирован Уханьским институтом вирусологии, на 4 процента отличается от SARS-CoV-2.

«Мы определим наилучшего консенсусного кандидата и синтезируем геном с использованием коммерческих поставщиков (например, BioBasic и т.д.) в виде шести смежных фрагментов кДНК, связанных уникальными сайтами эндонуклеазы рестрикции, которые не нарушают кодирующую последовательность, но позволяют собирать геном в полную длину», - говорится в гранте. Документы показывают, что синтез вирусов будет дешевым. Исследователи планировали заразить мышей с гуманизированными клетками легких этими полноразмерными синтетическими вирусами.

План синтеза генома вируса из шести смежных фрагментов перекликается с анализом 2022 года, который выявил наличие сайтов двух ферментов рестрикции, BsmBI и BasI, которые разделяют геном SARS-CoV-2 на шесть равных частей. Ученые тогда оценили вероятность наблюдения этой картины из равномерно расположенных сегментов в природе как крайне маловероятную. В то время Андерсен назвал это «молекулярной биологией детского сада».

«Многие вирусологи говорили, что наш анализ был ошибочным, утверждая, что целью, должно быть, была замена всего спайка ... или что подобные паттерны можно обнаружить практически в любом геноме коронавируса», - сказал молекулярный иммунолог из Университета Вюрцбурга Валентин Бруттель, соавтор этого анализа, но «Точно так, как мы и предполагали, они планировали использовать 6 сегментов для сборки синтетических вирусов».

Недавно обнаруженные документы также включают заказ от New England Biolabs на BsmBI (R0580), один из этих ключевых ферментов рестрикции. Они также планировали закупить другие неуказанные ферменты рестрикции. New England Biolabs также продает ферменты рестрикции BsaI в дополнение к сотням других. В порядке упорядочения документов, полученных U.S. Right to Know, эта таблица бюджета появляется сразу после электронного письма, в котором Тони Роке, сотрудница USGS по проекту, сообщает, что ее бюджет прилагается. Хотя Рок была настроена сотрудничать с Бариком, неясно, занимала ли она центральное место в этой работе по генной инженерии.

Тем не менее, некоторые ученые говорят, что это открытие сродни «неопровержимому доказательству» в пользу лабораторной гипотезы, но и это открытие, вероятно, вызовет споры. Некоторые из сайтов фермента рестрикции, которые были идентифицированы у SARS-CoV-2, были также идентифицированы у вирусов, тесно связанных с SARS-CoV-2 по природе, что указывает на то, что они могли возникнуть в результате природной рекомбинации, а не инженерной разработки.

Домен, связывающий рецептор
В дополнение к месту расщепления фурина, SARS-CoV-2 был «хорошо адаптирован» к практически мгновенному распространяться среди людей без необходимости сильно эволюционировать, что было красным флагом указывающим на возможное лабораторное происхождения вируса с первых месяцев пандемии.

Новые доступные записи, связанных с проектом DEFUSE, показывают, что исследовательская группа была заинтересована в коронавирусах, связанных с SARS, которые напоминают SARS-CoV-2 в ключевой части вирусного генома, которая присоединяется к клеткам человека — домен связывания с рецепторами. Бэрик планировал отбирать домены связывания с рецепторами с эпидемическим потенциалом, исследуя сайты расщепления и домены связывания с рецепторами, способные эффективно присоединяться к рецепторам ACE2 человека. В записи показывают, что Барик сконструировал спайковые белки, не опубликованные в общедоступной научной литературе, и что эта работа, возможно, уже велась во время подачи заявки на грант DARPA.

«RB [Ральф Барик] уже сгенерировал SARS-подобные химеры с RBD [доменом, связывающим рецептор] из группы вирусов летучих мышей под названием 293 (для S1), который на 20% отличается от эпидемических штаммов, и область S2 от HK3, которая отличается на 20%», - говорится в раскрытых записях, по-видимому, имея в виду сконструированные спайки, полученные из двух разных штаммов вирусов летучих мышей. Хотя вирусы летучих мышей HKU3 известны, ссылка на «вирусы летучих мышей под названием 293» неоднозначна и, по-видимому, не относится к какой-либо общедоступной группе вирусов.

Новые вирусы в Уханьском институте вирусологии
Многие вирусы из коллекции собранной уханьской лабораторией не были оценены на предмет заразности или патогенности на момент подачи заявки на грант. Их геномы могут быть недоступны для общественности. «Команда Уханьского института вирусологии продолжит сбор данных о биоразнообразии вирусов SARSr-CoV из пещер летучих мышей на юге Китая», - говорится в документах. «У них большие, но неполные коллекции геномных последовательностей SARSr-CoV, большинство из которых не были оценены на предэпидемический потенциал».

В более ранних версиях заявки на грант лаборатория Ши Чжэнли в Уханьском институте вирусологии указывается как проводящая эксперименты, хотя в конечном итоге это было скрыто от DARPA.

Документы также показывают, что у исследовательской группы была место для отбора проб вирусов летучих мышей в Лаосе, в дополнение к их более известным попыткам отбора проб на Юге Китая. Ученые также описывают цели своих исследований как включающие защиту американских солдат, дислоцированных в Юго-Восточной Азии. Некоторые из вирусов, ближайших родственников SARS-CoV-2, включая вирус под названием Banal-20-52, были идентифицированы в Лаосе.

Организация U.S. Right to Know получила документы, о которых сообщается в этой истории, по запросу (согласно Закону о свободе информации) направленного в Геологическую службу США. Дополнительные документы и отчеты о происхождении ковида-19 доступны на нашем веб-сайте.

Взято с habr.com